A chaque début de séance, le praticien effectue  un diagnostic médical d’exclusion, qui consiste à déterminer si l’application d’un traitement ostéopathique est souhaitable ou contre-indiquée. Par exemple, une patiente présentant des douleurs dorsales et ayant eu auparavant un cancer du sein doit pouvoir fournir des radiographies récentes montrant l’absence de métastases.

D’autre part, de nombreuses maladies ne sont pas soignées par l’Ostéopathie, en particulier les cancers, les maladies dégénératives (sclérose en plaque…), les maladies génétiques (mucoviscidose, myopathie…), les maladies auto-immunes ainsi que les maladies infectieuses.

Cependant, même si l’Ostéopathie n’a pas d’effet direct sur ces maladies, elle peut avoir une action sur leurs conséquences, en particulier la douleur ou certains effets secondaires du traitement médical, grâce à la libération des tensions des structures environnantes. Elle constitue alors un apport complémentaire appréciable.